특별교부금은 양산에서는 하북초등학교와 양산초등학교에 5천만원, 개운중학교에 5천5백만원이 배정되었는데, 이는 교육인적자원부가 제공한 표준안(5천만원)에 따라 실행계획을 수립했기 때문에 장서구입비가 상대적으로 부족해, 해당학교에서는 학교기본운영비의 4% 이상 수준에서 장서를 구입할 것을 교육청은 요구하고 있다.
또한 학교도서관 데이타베이스 구축을 위해 필요한 일부장비들인 디지털카메라, 캠코더, 진공청소기 등은 도서관 구축의 일상용도가 아니라는 이유로 학교자산취득비 등으로 학교별로 별도로 구입할 것을 요청했다.
학교도서관 지원사업은 그동안 형식적으로 운영되어오던 학교도서관을 지원하여 상시적·실질적 운영이 가능하게 한다는 취지에서 일선 학교에 관심을 모았으나, 학교도서관의 실질적 운영을 위한 전문인력이 부재하여 원할한 운영이 힘든 경우가 많다는 현실적 어려움을 가지고 있다.
그동안 모범적으로 운영되었던 학교도서관의 경우 열성적으로 도서관을 관리한 교사 개인의 희생이 있었기에 가능했던 문제가 있었으며 그나마도 학교측의 배려가 없을 경우에는 형식적 운영에 그치는 경우가 대부분이라는 것이 현장교사의 지적이다.
상당수의 학교가 학교도서관을 형식적으로 운영해 았고, 도서관은 또 인적이 한산한 3층 이상의 공간에 두는 경우가 많았는데, 원할한 학교도서관 운영을 위해서는 누구나 손쉽게 도서관을 이용할 수 있도록 1층 등에 위치하도록 공간을 배려해야 하며, 전문 사서를 두어 지속적인 관리가 가능해야 한다는 지적이다.