영재교육원은 초·중등 수학과 과학 각 15명씩 총 60명의 학생을 선발하고, 지도교사 16명(각 과목당 4명)이 4월부터 11월까지 매주 토요일과 여름방학을 이용하여 수업을 진행한다.교육장소는 초등수학·과학은 중부초등학교, 중등수학·과학은 남부고등학교에서 실시하며, 학생들은 각 해당과목 수업은 물론 컴퓨터, 체험학습, 인성교육 등을 교육받는다.한편 영재교육원은 영재교육의 세계화, 전문화, 인간화, 지역화라는 교육이념에 따라 초·중학생으로 하여금 전문가와의 상호작용을 통하여 과학적 탐구의 본질을 이해하고, 기본적인 탐구 능력과 창의력을 배양하며, 미래의 수학자 및 과학자로서 인류애를 바탕으로 한 고도의 윤리의식과 사명감을 지닌 인간으로 자랄 수 있도록 도와주는 것을 교육목표로 삼고 있다.