지난 2003년부터 농협중앙회가 추진하던 중 각 단위조합의 반발로 강제합병이 아닌 농협자율에 맡긴다는 공식발표를 내놓았다.

당시 농협의 경쟁력을 갖추기 위한다는 목적아래 농협합병을 추진한 농협중앙회는 2002년말 기준으로 경제사업량 120억원 미달조합으로 농가호수 1,500호, 총자산 400억원, 예수금평잔 350억원, 자기자본 15억원에 모두 미달되는 조합을 대상으로 4개 농협을 합병 권고조합으로, 5개 농협을 예고조합으로 분류했다.

그러나 농협중앙회가 기존의 규정을 원점으로 돌리면서 자율합병을 원칙으로 하되 경영진단팀의 내부평가를 기초로 합병을 추진하고 있는 것으로 알려졌다.

이것은 합병대상농협을 선정하는 기준을 정하는 것 보다는 중앙회의 지원 없이 해당 농협의 자생여부, 발전가능성 등을 중심으로 해당 농협에 대한 경영진단팀의 평가서와 함께 실적보고서를 통보받아 합병농협을 선정한다는 것이다.

자율합병을 실시하는 농협에게는 중앙회의 자금지원과 조합장 임기 연장이라는 혜택이 주어지지만 합병으로 인한 자산감소의 위험, 구조조정, 조합원의 동의 등 내부적인 문제해결도 남아 있는 것으로 알려지고 있다.