시가 혁신선도 지자체로 선정된 이후 혁신 분위기 확산 노력에도 불구하고 논란이 벌어지고 있다. 지난 7일 시의 조직 및 인사관리, 혁신업무 개선 대책을 촉구하는 전공노 양산시지부(지부장 안종학)의 성명서가 발표된 이후 인사 및 혁신업무에 대한 공무원들의 논란이 그치질 않고 있다. 또한 이번 추경예산안에 포함된 혁신관련 업무 추진비가 모두 삭감되는 등 시의 일방 혁신에 대한 시의회 차원의 견제도 이루어지고 있다. 추경예산을 심의한 모 의원은 "내부만족 없이 외부만족이 있을 수 없다"며 "현재 행자부가 추진하고 있는 혁신사업을 시에서 서두를 경우 생길 수 있는 실수를 최소화하고, 내부 논의를 활성화할 수 있는 시간적 여유가 필요하다"고 밝혔다. 한편, 공무원 사회 내부에서도 혁신의 필요성을 인정하지만 현재 시가 추진하고 있는 혁신사업에 대한 정확한 이해 없이 일방적으로 끌려가는 모양새는 바람직하지 않다는 의견이 나오고 있다. 시민들에게 수준 높은 행정서비스를 제공하고, 공직사회의 효율성을 보장하기 위한 혁신사업이 공무원 내부 동의 없이 시장의 의지만 가지고 이루어질 수 없다는 시각이다.