호흡을 통해 들이마시는 산소는 흉부와 복부를 가로지르는 횡격막을 통과할 수 없다. 다만, 호흡 자체는 자신의 폐활량을 넘어서면 호흡한다는 감만 있는 것이지 실제로는 들이쉬고 내쉬는 것이 아니라 무의식적으로 숨을 참는 지식(止息)인 경우가 대부분이다. 이렇게 되면 뇌의 산소 공급이 차단되면서 점차 건강을 해치거나 신비한 환각을 경험하는 경우까지 생긴다.

또한, 평소에 무의식적으로 호흡을 평소보다 적게 들이쉬거나 흉부를 중심으로 가쁘고 짧은 숨을 내쉬는 경우가 종종 있다. 대개 과도한 긴장이나 스트레스, 체력 저하 등으로 유발된다. 이런 식의 호흡이 계속된다면 목이나 어깨 주변에 피로가 쌓이게 긴장과 통증이 발생한다. 또는 특별한 증상이 없는데 가벼운 두통에 시달리는 경우 자신의 호흡을 점검할 필요가 있다.

짧은 호흡이나 참는 호흡이 아닌 인위적으로 과도하게 들이마시는 과호흡의 경우에도 뇌에 강한 압력을 줘 정신건강에 부정적인 효과를 가져오게 된다. 일부에서는 뇌호흡이라는 명칭으로 폐가 아닌 특정한 부위로 호흡이 가능하다는 주장이 있지만, 뇌 부위를 활성화하기 위한 의념(意念) 차원의 호흡법이라면 몰라도 뇌 자체는 호흡을 위한 기관이 아니므로 과학적으로는 성립할 수 없는 명칭이다.

호흡의 목적은 단순히 산소와 이산화탄소의 교환에 있는 것이 아니고, 생명을 유지하기 위해 혈액 속 이산화탄소와 산소의 비율과 세포를 둘러싸고 있는 내부 환경을 일정하게 유지하는 수소이온농도(pH)의 항상성을 유지하는 역할에 있다. 이 균형을 지키기 위해서라도 바른 호흡은 명상뿐 아니라 건강에도 필수 요소가 된다. 그렇기에 인간의 가장 기본적인 생명현상인 호흡은 잠자거나 마취 등의 무의식 상태에서도 중단 없이 유지되는 것이다.

많이 알려진 명상법인 단전호흡은 생리학적으로는 배와 가슴 사이를 분리하는 근육인 횡격막의 수축과 이완으로 아랫배를 자극해 의식을 집중하는 것이지 실제 단전 부위까지 호흡이 통하는 것은 아니다. 숨을 들이쉴 때는 복부가 수축하고 흉부가 이완하며, 내쉴 때는 그 반대가 된다. 이러한 호흡을 통한 수축과 이완으로 폐가 체내에 산소를 공급하고 이산화탄소를 배출하고 심장이 혈류를 조절하게 돼 항상성을 유지하는 것이다. 이를 위해서는 복부를 중심으로 윗부분의 횡격막과 아래에서 골반을 받쳐주는 신체의 코어근육인 골반기저근(pelvic floor muscles)의 단련으로 단전을 강화할 수 있다.

호흡은 365일 24시간 멈추지 않고 작용해 ‘나’를 구성하고 있는 정신과 육신이 만나는 유일한 접점이 된다. 그러므로 명상을 통해 지속적으로 호흡을 관찰하다 보면 신체에 대한 자율적 조절과 정신에 대한 의식적 조절이 가능하게 된다. 이런 변화는 영적인 생명체인 인류가 명상을 시작한 이래 호흡을 가장 중요한 명상의 대상으로 여기게 된 이유이기도 하다.